A diferença entre esses 2 protocolos de e-mail são bem simples.

POP:  Esse protocolo irá baixar seus e-mail para a sua maquina, com isso ele não deixará os e-mail no servido de e-mail, e sim na sua maquina, apenas você poderá ter essa conta configurada em algum gerenciado de e-mail ou celular, pois como ela baixa os e-mail para caixa de entrada haverá conflito se mais de 1 pessoa usar esse protocolo na mesma conta.

IMAP: Com esse protocolo é o contrario do POP, ele irá sincronizar os seus e-mail no servidor, com isso você poderá ler seus e-mail no computador da sua casa e responder ele de seu telefone celular posteriormente, sempre recomendamos o uso do protocolo IMAP por questão de segurança e integridade dos e-mails.